中國醫(yī)學科學院、中國協(xié)和醫(yī)科大學藥物研究所成立于1958年，是國家重點藥物研究機構(gòu)之一�，F(xiàn)有職工400余人，其中科技人員300余人，正副研究員100余人，中國科學院院士3人，中國工程院院士2人，有50余名專家享受國家政府特殊津貼。
藥物所設(shè)藥物化學合成、天然產(chǎn)物化學、藥理、藥物分析、天然產(chǎn)物生物合成、藥用植物、藥劑、藥物安全評價等學科，并建有國家新藥工業(yè)性試驗基地、國家藥物及代謝產(chǎn)物分析研究中心、國家新藥開發(fā)工程技術(shù)研究中心、衛(wèi)生部天然藥物生物合成重點實驗室、北京協(xié)和制藥廠。
建所四十年來，共獲科研成果獎260余項，其中，國家部委級獎172項，已研制上市新藥80余種，1986年國家設(shè)立基金制以來，共承擔各類科研課題近500項，承擔的國家新藥基金項目就有10余項，其中三項進入國家1035工程。發(fā)表論文近2000篇，已在國內(nèi)外申請專利110余項。
藥物所擁有大型科研儀器40余臺，擁有一支由高級科研人員組成的兼職教師隊伍。面向院校研究生開設(shè)了高等有機、分子藥理學等10余門課程，在所研究生近200人，現(xiàn)有博士生導師23人，碩士生導師69人。藥物化學、藥物分析化學、藥理專業(yè)為國務院學位委員會首批獲準具有博士、碩士學位授權(quán)的學科點，其中藥物化學和藥理學為國家教育部認定的重點學科，并建立了博士后流動站。已培養(yǎng)碩士博士研究生638名。
近年來，在轉(zhuǎn)變科研機制，面向市場經(jīng)濟，加快科研技術(shù)成果轉(zhuǎn)化，提高產(chǎn)業(yè)效益的過程中，所屬藥廠產(chǎn)值逐年增加。主要產(chǎn)品有：人工麝香、紫素（紫杉醇注射液)、聯(lián)苯雙酯、高三尖杉酯堿、肌生注射液、及即將上市的抗肝炎新藥雙環(huán)醇等。
藥物所還負責編輯出版《藥學學報》、Chinese Chemical Letters及Journal of Asian Natural Products Research 三種國家級期刊，并與日、美、德等30多個國家和地區(qū)的制藥公司、大學科研機構(gòu)進行了廣泛的科技和學術(shù)交流，與國內(nèi)百余家科研單位、企業(yè)建立了協(xié)作關(guān)系，并建立了藥物所新疆分所。
世紀之交，藥物所正以“獻身、創(chuàng)新、求實、協(xié)作”的精神努力工作，為人類研制出更多更好的新藥。
