沈陽藥科大學從1956年起招收研究生，是國務(wù)院學位委員會首批授權(quán)具有授予博士、碩士學位，較早開展在職人員以研究生同等學力申請碩士學位，自行審定博士生指導教師的單位。具有藥學一級學科博士學位授予權(quán)，碩士招生專業(yè)26個：藥物化學，藥劑學，生藥學，藥物分析學，微生物與生化藥學，藥理學，企業(yè)管理學，藥事管理學，天然藥物化學，臨床藥學，中藥化學，中藥生物技術(shù) 學，中藥藥理學，中藥藥劑學，中藥鑒定學，中藥分析學，中藥炮制學，中藥資源學，生物化學，應用化學,分析化學，有機化學，生物化學與分子生物學，中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)醫(yī)學全.在線網(wǎng).站.提供，藥物信息學，制藥工程。博士招生專業(yè)19個，藥物化學，藥劑學，生藥學，藥物分析學，微生物與生化藥學，藥理學，藥事管理學，天然藥物化學，臨床藥學，中藥化學，中藥生物技術(shù)，中藥藥理學，中藥藥劑學，中藥鑒定學，中藥分析學，中國炮制學，中藥資源學，藥物信息學，制藥工程。藥劑學是國家重點學科，藥物化學，藥物分析學是省級重點學科。學校設(shè)有一級學科藥學博士后流動站。1996年經(jīng)教育部批準，建設(shè)國家理科基礎(chǔ)科學研究和教學人才培養(yǎng)基地（醫(yī)藥學)，1997年開始招收本、碩、博連讀學生。2002年經(jīng)教育部和國家發(fā)展計劃委員會批準，建立國家生命科學與技術(shù)人才培養(yǎng)基地，學制6年。
學校2007年招收碩士研究生440名，博士研究生107名，研究生課程進修班學員近100名，在校各類研究生2000余人（統(tǒng)計時間，2004年9月)。已培養(yǎng)研究生1400余名，為社會培養(yǎng)一批優(yōu)秀藥學人才，其中有4名畢業(yè)研究生獲得了國家杰出青年科學基金。81級碩士研究生裴鋼當選為中國科學院院士。眾多畢業(yè)生成為知名學者、企業(yè)家、政府官員。
學校擁有眾多著名專家、學者，有中國工程院院士1名，教授、副教授200余名，一批在科研及教學工作中卓有成效的中青年教師充實了研究生導師隊伍醫(yī)學全在線網(wǎng)站www.med126.com，其中博士生指導教師近60名，碩士生指導教師150余名。
學校積極開展國內(nèi)外學術(shù)交流，與美國加利福尼亞大學藥學院、明尼蘇達大學藥學院、英國利物浦約翰穆爾斯大學藥學院、日本東京大學、名城大學、香港中文大學、臺灣中國醫(yī)藥學院等建立校際關(guān)系，進行廣泛科技合作，對我校研究生培養(yǎng)起到推動作用。
學校在開展學位與研究生教育過程中，始終把培養(yǎng)質(zhì)量放在頭等重要地位，不斷更新教育思想，轉(zhuǎn)變教育觀念，積極探索研究生教育改革，探索實踐、"寬進嚴出"的管理、培養(yǎng)方式，建立提前攻博，與科研單位聯(lián)合培養(yǎng)研究生和聘任外校、科研機構(gòu)兼職研究生導師制度，優(yōu)化培養(yǎng)過程，加強課程體系建設(shè)，強化創(chuàng)新精神和實際能力的培養(yǎng)醫(yī)學全在線www.med126.com。學校把優(yōu)先發(fā)展研究生教育作為"十五"期間的工作重點。學校正認真貫徹"立足國內(nèi)，適度發(fā)展，優(yōu)化結(jié)構(gòu)，相對集中，推進改革，提高質(zhì)量"的方針，在不斷加強學科建設(shè)的基礎(chǔ)上，努力將我校建設(shè)成高水平的高層次創(chuàng)造性人才培養(yǎng)基地。
基本數(shù)據(jù)：
博士后流動站 1個；博士專業(yè)：21個；碩士專業(yè)：26個；本科專業(yè)：20個
國家級人才基地2個；國家級重點學科1個；國家級試驗中心1個；省級重點學科2個；省部級實驗室2個
國家級優(yōu)秀博士論文：1篇；省級優(yōu)秀博士論文：8篇；SCI論文數(shù)（2006年發(fā)表)：246篇
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