學院在化學生物學與藥學院的牌子下履行本科生和研究生教學功能，在首都醫(yī)科大學藥物研究所的牌子下履行新藥研究功能。啟動了一支隊伍兩種功能的運作模式。
按照現(xiàn)代藥學的學科規(guī)范，學院設立了藥物化學系、藥劑學系、新藥藥理學系、化學生物學系、天然藥物學系、臨床藥學系和藥學實驗教學中心。
建設一支素質(zhì)好的師資隊伍既是學院的近期目標，又是學院的長期目標。師資隊伍建設統(tǒng)籌考慮人品、學術、學位、年齡和學科五個因素，按照研究教學型藥學院的發(fā)展思路，學院教職員將控制在90人以內(nèi)，學院現(xiàn)有教職員46人，其中正高級職稱7人，占總人數(shù)的15.2%；副高級職稱14人，占總人數(shù)的30.4%；博士生導師4人，占總人數(shù)的8.7%；碩士生導師13人，占總人數(shù)的28.3%；26人具有博士學位，占總人數(shù)的56.5%.
目前學院在讀本科生、碩士研究生、博士研究生總計300余人，按照研究教學型學院的發(fā)展思路，我院的本科教育主要為制藥企業(yè)和社會藥房培養(yǎng)普通職員、為大學和研究院所輸送碩士研究生。碩士生教育主要為制藥企業(yè)培養(yǎng)中級職員、為大學和研究院所輸送博士研究生。2011年，學院本科生、研究生就業(yè)率均為100%，被評為學校就業(yè)工作先進集體。
化學生物學與藥學院在學校的統(tǒng)一規(guī)劃下采用了醫(yī)學+生物學+化學的辦學模式，在理科性、應用性和職業(yè)性一體化的辦學理念的指導下，學院以系為建制進行學科融合，按一級學科設課的寬口徑培養(yǎng)，實施低年級學生導師制，在強調(diào)基礎性、綜合性、設計性和先進性的前提下，培養(yǎng)創(chuàng)新能力。使畢業(yè)生在就業(yè)競爭中處于領先位置，為今后持續(xù)發(fā)展打好基礎醫(yī)學全在線網(wǎng)站www.med126.com。特色的辦學理念使學院畢業(yè)生在就業(yè)競爭中處于領先位置，并為今后持續(xù)發(fā)展打好基礎，多年來就業(yè)率均達100%，近一半的本科生成功考研，選擇繼續(xù)深造。獲北京市教育教學成果二等獎1項。
建設一流學科是創(chuàng)建一流化學生物學與藥學院的基石。學院在學科建設中采取重點發(fā)展以優(yōu)勢學科帶頭人為支撐的優(yōu)勢學科、優(yōu)先扶持新興學科的學科建設策略。著力在國外知名雜志上發(fā)表學術論文及申請國家發(fā)明專利，是學院科研的主導思路。2004年至2011年間獲國家973項目1項，“十一五國家重大新藥創(chuàng)制科技重大專項”3項，參與“十二五國家重大新藥創(chuàng)制科技重大專項”1項，國家自然科學基金14項，北京市自然科學基金12項，北京市教委基金19項，其中重點項目3項，共發(fā)表SCI論文146篇，申請發(fā)明專利230項，授權發(fā)明專利77項，獲北京市科學技術進步二等獎一項，建立了“多肽及小分子藥物”北京市重點實驗室，獲批建設教育部“內(nèi)源式預防藥物教育部工程研究中心”。
目前，學院正著力構建科學目標與產(chǎn)品目標兼顧、中西藥研究并重、基礎研究與應用研究有機結合的科研格局。今后將重點針對心腦血管疾病、腫瘤及老年性疾病等三大疾病，大力發(fā)展新藥研究體系。
