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  生化筆記--沈同(適用第2版及第3版)第四章 酶           ★★★ 【字體:
生化筆記--沈同(適用第2版及第3版)第四章 酶
作者:未知 文章來(lái)源:醫(yī)學(xué)全在線 更新時(shí)間:2006-7-17


(四) Km和Vmax的求解方法
1、 雙倒數(shù)作圖法
要從實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)所得到的v-[S]曲線來(lái)直接決定Vmax是很困難的,也不易求出Km值。
由米式方程兩邊取倒數(shù):


將實(shí)驗(yàn)所得的初速度數(shù)據(jù)v和[S]取倒數(shù),得各種1/v和1/[S]值,將1/v對(duì)1/[S]作圖,得
P250 圖4-6

 

上圖[S]范圍在0.330—2.0Km,最適。
若[S]范圍在3.3—20 Km ,直線斜率太小。
若[S]范圍在0.033––0.2 Km ,直線斜率太大。
如當(dāng)Km=1×10-5mol/L時(shí),實(shí)驗(yàn)所取底物濃度范圍應(yīng)在0.33×10-5-2.0×10-5mol/L。
一般選底物濃度應(yīng)考慮能否得到1/[S]的常數(shù)增量。
如當(dāng)選[S]為1.01、1.11、1.25、1.42、1.66、2.0、2.5、3.33、5.0、10時(shí)
1/[S]為0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0是常數(shù)增量。
反之,若選[S]為常數(shù)增量1.0、2.0、3.0、4.0、5.0、10時(shí),
1/[S]為0.1、0.111、0.125、0.5、1.0,是非常數(shù)增量,點(diǎn)多集中在1/v軸附近。
2、 V—V/[S]作圖法
P250  圖4-7
三、 多底物的酶促反應(yīng)
前面討論的米氏方程(推導(dǎo)米氏方程時(shí)用的是單底物),適用于單底物酶促反應(yīng),如異構(gòu)、水解及大部分裂合反應(yīng),不適用于多底物反應(yīng)。
A、B、C表示底物,按照底物與酶的結(jié)合順序,產(chǎn)物則按它們從酶產(chǎn)復(fù)合物中釋放次序分別用P、Q、R表示。
雙底物酶促反應(yīng)已知有三種機(jī)理
1、 有序順序反應(yīng)機(jī)理
底物A、B與酶結(jié)合的順序是一定的,產(chǎn)物P、Q的釋放順序也是一定的。
       P251

舉例:P251 乙醇脫氫酶
2、 隨機(jī)順序反應(yīng)機(jī)理
底物A、B與酶結(jié)合的順序是隨機(jī)的,產(chǎn)物P、Q的釋放順序也是隨機(jī)的。

P252
如糖原磷酸化酶
3、 乒乓反應(yīng)機(jī)理
先結(jié)合第一個(gè)底物A,釋放第一個(gè)產(chǎn)物P,酶的構(gòu)象發(fā)生變化,結(jié)合第二個(gè)底物B,釋放第二個(gè)產(chǎn)物Q。
       P252

舉例:  谷丙轉(zhuǎn)氨酶
四、 pH對(duì)酶促反應(yīng)速度的影響
1. pH影響酶活力的因素
①影響酶蛋白構(gòu)象,過(guò)酸或過(guò)堿會(huì)使酶變性。醫(yī)學(xué)全在線m.payment-defi.com
②影響酶和底物分子解離狀態(tài),尤其是酶活性中心的解離狀態(tài),最終影響ES形成。
③影響酶和底物分子中另一些基團(tuán)解離,這些基團(tuán)的離子化狀態(tài)影響酶的專一性及活性中心構(gòu)象。
2.酶的最適pH和穩(wěn)定性pH
最適pH:使酶促反應(yīng)速度達(dá)到最大時(shí)的介質(zhì)pH。
酶在試管反應(yīng)中的最適pH與它所在細(xì)胞中的生理pH不一定完全相同,為什么?
幾種酶的最適pH,見(jiàn)P253表4—6。

穩(wěn)定性pH:在一定pH范圍內(nèi),酶不會(huì)變性失活,此范圍稱酶的穩(wěn)定性pH。
         圖

A.最適pH曲線:最適pH=6.8
B.穩(wěn)定性pH曲線:pH5~8
曲線B:將酶在不同pH下保溫,再調(diào)回pH6.8,測(cè)定反應(yīng)速度。
曲線B說(shuō)明,在pH6.8~8及5~6.8范圍內(nèi)反應(yīng)速度的降低,不是由于酶蛋白變性失活造成的,而是由于酶或底物形成了不正常的解離,而在pH >8和pH<5范圍,則是由兩種因素共同作用的結(jié)果。
雖然大部分酶的pH—酶活曲線是鐘形,但也有半鐘形甚至直線形。
P254 圖4-9 酶的pH—酶活曲線
五、 溫度對(duì)酶促反應(yīng)速度的影響。
1.最適溫度及影響因素 
溫度對(duì)酶促反應(yīng)速度的影響有兩個(gè)方面:
①提高溫度,加快反應(yīng)速度。
②提高溫度,酶變性失活。
這兩種因素共同作用,在小于最適溫度時(shí),前一種因素為主;在大于最適溫度時(shí),后一種因素為主。最適溫度就是這兩種因素綜合作用的結(jié)果。
溫度系數(shù)Q10:溫度升高10℃,反應(yīng)速度與原來(lái)的反應(yīng)速度之比,Q10一般為1~2。
溫血?jiǎng)游锏拿,最適溫度35℃—40℃,植物酶最適溫度40℃—50℃,細(xì)菌Taq DNA聚合酶70℃。
2.酶的穩(wěn)定性溫度
在某一時(shí)間范圍內(nèi),酶活性不降低的最高溫度稱該酶的穩(wěn)定性溫度。
酶的穩(wěn)定性溫度有一定的時(shí)間限制。
穩(wěn)定性溫度范圍的確定方法:將酶分別在不同溫度下預(yù)保溫一定時(shí)間,然后回到較低溫度(即酶的熱變性失活作用可忽略的溫度),測(cè)酶活性。
         圖
酶濃度高、不純、有底物、抑制劑和保護(hù)劑會(huì)使穩(wěn)定性溫度增高。
酶的保存:
①液體酶制劑可以利用上述5種因素中的幾種,低溫(幾個(gè)月)。
②干粉,可在室溫下放置一段時(shí)間,長(zhǎng)期保存,應(yīng)在低溫冰箱中。
六、 酶濃度對(duì)酶促反應(yīng)速度的影響
如果底物濃度足夠大,使酶飽和,則反應(yīng)速度與酶濃度成正比。


Vmax  =  K3 [E]

 

[S]過(guò)量且不變時(shí),v∝[E]。
七、 激活劑對(duì)酶促反應(yīng)速度的影響
凡是能提高酶活性的物質(zhì),都稱為激活劑。activator
激活劑作用包括兩種情況:
一種是由于激活劑的存在,使一些本來(lái)有活性的酶活性進(jìn)一步提高,這一類激活劑主要是離子或簡(jiǎn)單有機(jī)化合物。
另一種是激活酶原,無(wú)活性→有活性,這一類激活劑可能是離子或蛋白質(zhì)。
1、 無(wú)機(jī)離子的激活作用
(1)金屬離子:K+ 、Na+、Mg2+ 、Zn2+、Fe 2+ 、Ca2+
(2)陰離子:cl-、Br -
(3)氫離子
許多金屬離子是酶的輔助因子,是酶的組成成分,參與催化反應(yīng)中的電子傳遞。
有些金屬離子可與酶分子肽鏈上側(cè)鏈基團(tuán)結(jié)合,穩(wěn)定酶分子的活性構(gòu)象。
有的金屬離子通過(guò)生成螯合物,在酶與底物結(jié)合中起橋梁作用。
注意:
(1) 無(wú)機(jī)離子的激活作用具有選擇性,不同的離子激活不同的酶。
(2) 不同離子之間有拮抗作用,如Na+與K+、Mg+與Ca+,但Mg+與Zn+?商娲
(3) 激活劑的濃度要適中,過(guò)高往往有抑制作用,1~50mM
2、 簡(jiǎn)單有機(jī)分子的激活作用
①還原劑(如Cys、還原型谷胱甘肽)能激活某些活性中心含有—SH的酶。
②金屬螯合劑(EDTA)能去除酶中重金屬離子,解除抑制作用。

抑制劑對(duì)酶促反應(yīng)速度的影響
酶是protein ,凡可使酶蛋白變性而引起酶活力喪失的作用稱為酶的失活作用。
抑制作用:使酶活力下降但并不引起酶蛋白變性的作用稱為抑制作用。(不可逆抑制、可逆抑制)
抑制劑(inhibitor):不引起酶蛋白變性,但能使酶分子上某些必需基團(tuán)(活性中心上一些基團(tuán))發(fā)生變化,引起酶活性下降,甚至喪失,此類物質(zhì)稱為酶的抑制劑。
研究抑制劑對(duì)酶的作用有重大的意義:
(1) 藥物作用機(jī)理和抑制劑型藥物的設(shè)計(jì)與開(kāi)發(fā):抗癌藥
(2) 對(duì)生物體的代謝途徑進(jìn)行認(rèn)為調(diào)控,代謝控制發(fā)酵
(3) 研究酶的活性中心的構(gòu)象及其化學(xué)功能基團(tuán),不僅可以設(shè)計(jì)農(nóng)藥,而且也是酶工程和化學(xué)修飾酶、酶工業(yè)的基礎(chǔ)
(一) 不可逆抑制作用(非專性必、專一性)
抑制劑與酶活性中心基團(tuán)共價(jià)結(jié)合,使酶的活性下降,無(wú)法用透析法除去抑制劑。
1、 非專一性不可逆抑制劑
此類抑制劑可以和一類或幾類基團(tuán)反應(yīng)。它們不但能和酶分子中的必需基團(tuán)作用,同時(shí)也能和相應(yīng)的非必需基團(tuán)作用。
(1)、 酰化劑
二異丙基磷酰氟酯(DFP,神經(jīng)毒氣)和許多有機(jī)磷農(nóng)藥都屬于磷;瘎,能與酶活性中心Ser的—OH結(jié)合,抑制某些蛋白酶及酯酶。這類化合物的作用機(jī)理是強(qiáng)烈地抑制與中樞神經(jīng)系統(tǒng)有關(guān)的乙酰膽堿脂酶,使乙酰膽堿不能分解為乙酰和膽堿。乙酰膽堿的堆積,引起一系列神經(jīng)中毒癥狀。

P258 結(jié)構(gòu)式:磷;瘎┡cDFP
P259  反應(yīng)式:磷酰化劑與膽堿酯酶形成磷;憠A酯酶

解毒劑:PAM(解磷定),可以把酶上的磷酸根除去。
(2)、 烷化劑
許多有機(jī)汞、有機(jī)砷都是烷化劑,可以使酶的巰基烷化

P259 反應(yīng)式:對(duì)氯汞苯甲酸與巰基酶的反應(yīng)

有機(jī)汞、有機(jī)砷化合物和重金屬還可以與還原型硫辛酸(人體重要的輔酶)反應(yīng)
解毒劑:二巰基丙醇
(3)、 氰化物
與含鐵撲啉的酶中的Fe2+結(jié)合,阻抑細(xì)胞呼吸。
(4)、 重金屬
Ag、Cu、Hg、Cd、Pb能使大多數(shù)酶失活,EDTA可解除。
(5)、 還原劑
以二硫鍵為必需基團(tuán)的酶,可以被巰基乙醇、二硫蘇糖醇等巰基試劑還原失活。
(6)、 含活潑雙鍵試劑(與—SH、—NH2反應(yīng))
N—乙基順丁烯二酰亞胺
         圖
(7)、 親電試劑
四硝基甲烷,可使Tyr硝基化。
         圖
2、 專一性不可逆抑制
此類抑制劑僅僅和活性部位的有關(guān)基團(tuán)反應(yīng)。
(1)、 Ks型專一性不可逆抑制劑
Ks型抑制劑不僅具有與底物相似的、可與酶結(jié)合的基團(tuán),同時(shí)還有一個(gè)能與酶的其它基團(tuán)反應(yīng)的活潑基團(tuán)。
專一性:抑制劑與酶活性部位某基團(tuán)形成的非共價(jià)絡(luò)合物和抑制劑與非活性部位同類基團(tuán)形成的非共價(jià)絡(luò)合物之間的解離常數(shù)不同。
舉例:
胰凝乳蛋白酶的Ks型不可逆抑制劑:對(duì)一甲苯磺酰-L-苯丙氨酰氯甲烷(TPCK)與該酶的最佳底物對(duì)-甲苯磺酰-L-苯丙氨酸甲酯的結(jié)構(gòu)相似,都含有對(duì)-甲苯磺酰-L-苯丙氨;,酶通過(guò)對(duì)這個(gè)基團(tuán)的強(qiáng)親和力,把TPCK誤認(rèn)為底物而與之結(jié)合,形成Ks很小的非共價(jià)絡(luò)合物。
《酶學(xué)》P119

          最佳底物                                TPCK
-CH2-cl與酶活性部位的一個(gè)His-咪唑基距離很近,很易使之烷基化,而非活性部位的咪唑基,由于遠(yuǎn)離-CH2-cl,則不被烷基化。
(2)、  Kcat型專一性不可逆抑制劑
這種抑制劑是根據(jù)酶的催化過(guò)程來(lái)設(shè)計(jì)的,它們與底物類似,既能與酶結(jié)合,也能被催化發(fā)生反應(yīng),在其分子中具有潛伏反應(yīng)基團(tuán)(latent  reactive  group),該基團(tuán)會(huì)被酶催化而活化,并立即與酶活性中心某基團(tuán)進(jìn)行不可逆結(jié)合,使酶受抑制。此種抑制專一性強(qiáng),又是經(jīng)酶催化后引起,被稱為自殺性底物。
舉例1:
β-羥基癸酰硫酯脫水酶的Kcat型不可逆抑制劑:CH3(CH2)5-C=C-CH2-CO-S-R
此酶催化的反應(yīng):
         P260反應(yīng)式

當(dāng)有Kcat抑制劑時(shí),此抑制劑被催化生成連丙二烯結(jié)構(gòu),連丙二烯易與His咪唑反應(yīng),使酶失活。
        P261反應(yīng)式

舉例2:
以FMN(黃素單核苷酸)、FAD(黃素腺嘌呤二核苷酸)為輔基的單胺氧化酶的Kcat型不可逆抑制劑;炔類化合物。
迫降靈是一種單胺氧化酶的自殺性底物,是治療高血壓的良藥。
        圖

單胺氧化酶能氧化某些血管舒張劑(如組胺)
         圖

由于迫降靈能抑制單胺氧化酶,也就能抑制一些血管舒張劑(如組胺)的氧化,因而有降血壓的作用。
Kcat型專一性不可逆抑制劑的專一性很強(qiáng),近來(lái)已設(shè)計(jì)出多種酶的Kcat逆制劑,在醫(yī)療方面起到很大作用。
(二) 可逆抑制作用 Reversible  Inhibition
此類抑制劑與酶蛋白的結(jié)合是可逆的,可以用透折法除去抑制劑,恢復(fù)酶的活性。
1、 競(jìng)爭(zhēng)性抑制(Competitive inhibition)
抑制劑與底物競(jìng)爭(zhēng)酶的活性中心。
競(jìng)爭(zhēng)性抑制劑具有與底物類似的結(jié)構(gòu),可與酶形成可逆的EI復(fù)合物,阻止底物與酶結(jié)合?梢酝ㄟ^(guò)增加底物濃度而解除此種抑制。

P258  圖4-11 酶與底物及競(jìng)爭(zhēng)性、非競(jìng)爭(zhēng)性抑制劑結(jié)合的模型

舉例1:丙二酸抑制琥珀酸脫氫酶

舉例2:磺胺類藥物及其作用機(jī)理
磺胺類藥物可以抑制細(xì)菌的生長(zhǎng)繁殖,治療細(xì)菌引起的各種疾病。
磺胺類藥物是對(duì)氨基苯磺酰胺或其衍生物,它是對(duì)氨基苯甲酸的結(jié)構(gòu)類似物,競(jìng)爭(zhēng)性抑制二氫葉酸合成酶

P261 結(jié)構(gòu)式:對(duì)氨基苯甲酸   對(duì)氨基苯磺酰胺   葉酸

磺胺類藥物的藥理(對(duì)氨基苯磺酰胺):
嘌呤核苷酸的合成必需要由四氫葉酸(輔酶)提供一碳單位;四氫葉酸可由二氫葉酸或葉酸轉(zhuǎn)化而成;二氫葉酸是在二氫葉酸合成酶作用下,利用蝶呤、對(duì)氨基苯甲酸及Glu合成。
動(dòng)物體內(nèi)的葉酸可從食物中獲取,細(xì)菌體內(nèi)的葉酸只能在二氫葉酸合成酶作用下,利用對(duì)氨基苯甲酸合成。
如果動(dòng)物體內(nèi)含有大量的對(duì)氨基苯磺酰胺,可與對(duì)氨基苯甲酸競(jìng)爭(zhēng)二氫葉酸合成酶的活性中心,抑制細(xì)菌二氫葉酸合成。
2、 非競(jìng)爭(zhēng)性抑制
特點(diǎn):抑制劑與酶活性中的以外的基團(tuán)結(jié)合,其結(jié)構(gòu)可能與底物無(wú)關(guān)。
酶可以同時(shí)與底物及抑制劑結(jié)合,但是,中間產(chǎn)物ESI不能進(jìn)一步分解為產(chǎn)物,因此,酶的活性降低。顯然,不能通過(guò)增加底物的濃度的辦法來(lái)消除非競(jìng)爭(zhēng)性抑制作用。
非競(jìng)爭(zhēng)性抑制劑多是與酶活性中心之外的巰基可逆結(jié)合,包括某些含金屬離子的化合物(Cu2+、Hg2+、Ag+)和EDTA,。
3、 反競(jìng)爭(zhēng)性抑制
酶只有在與底物結(jié)合后,才能與抑制劑結(jié)合。E+S→ES+I ≠ P
(三) 可逆抑制作用的動(dòng)力學(xué)

用書上P263-266的方法可推出三種抑制方程。
1、 競(jìng)爭(zhēng)性抑制:
動(dòng)力學(xué)方程:


競(jìng)爭(zhēng)性抑制曲線:

P263  圖4-12競(jìng)爭(zhēng)性抑制曲線

競(jìng)爭(zhēng)性抑制作用小結(jié):
(1) Vmax不變,Km變大。要達(dá)到同一個(gè)給定的Vmax分?jǐn)?shù),必須要有比無(wú)抑制劑時(shí)大得多的底物濃度。
(2) 競(jìng)爭(zhēng)性抑制劑對(duì)酶促反應(yīng)的抑制程度,決定于[I]、[S]、Km和Ki
A. [I]一定,增加[S],可減少抑制程度。
B. [S]一定,增加[I],可增加抑制程度(Km’增加)。
C. Ki值較低時(shí),任何給定[I]和[S],抑制程度都較大,Ki越大,抑制作用越小。
D. [I]=Ki時(shí),所作雙倒數(shù)圖直線的斜率加倍。
E. 在一定[S]、[I]下,Km值愈低,抑制程度愈小。
2、 非競(jìng)爭(zhēng)性抑制
動(dòng)力學(xué)方程:


相對(duì)速度:


抑制分?jǐn)?shù):


非競(jìng)爭(zhēng)抑制曲線:

P265  圖4-13

非競(jìng)爭(zhēng)性抑制劑可使酶促反應(yīng)的Vmax降至Vmax/(1+[I]/Ki),而對(duì)Km無(wú)影響。它對(duì)酶促反應(yīng)的抑制程度決定于[I]和Ki ,與酶的Km和[S]無(wú)關(guān)。
3、 反競(jìng)爭(zhēng)性抑制
動(dòng)力學(xué)方程:


相對(duì)速度:

抑制分?jǐn)?shù):


P265   圖4-14  反競(jìng)爭(zhēng)抑制曲線

在反競(jìng)爭(zhēng)性抑制作用下,Km及Vmax都變小,且Km’<KM&NBSP;&NBSP;

P266  表4-7 小結(jié):   三種可逆抑制作用的酶促反應(yīng)速度V與Km值
九、 有機(jī)介質(zhì)中的酶促反應(yīng)(只是一部分酶)
傳統(tǒng)觀點(diǎn):酶是水溶性生物大分子,只能在水介質(zhì)中進(jìn)行催化反應(yīng),有機(jī)介質(zhì)會(huì)使酶變性。
其實(shí)在細(xì)胞中,許多生物膜上的酶就是在低極性的微環(huán)境中發(fā)揮催化功能的。
優(yōu)點(diǎn):     ①利于疏水性底物的反應(yīng)。
            ②可提高酶的熱穩(wěn)定性,提高催化溫度。
            ③能催化在水中不能進(jìn)行的反應(yīng)。
            ④可改變反應(yīng)平衡移動(dòng)方向。
            ⑤可控制底物專一性。
            ⑥防止由水引起的副反應(yīng)。
            ⑦可擴(kuò)大pH值的適應(yīng)性等等。
1、 有機(jī)介質(zhì)中酶促反應(yīng)的條件
(1)、 必需水(結(jié)合水)
酶催化活性所必需的構(gòu)象,是由水分子直接或間接地通過(guò)氫鍵等非共價(jià)相互作用來(lái)維持的,因此只有與酶分子緊密結(jié)合的單層水分子,對(duì)酶的催化活性才是至關(guān)重要的。
這緊緊吸附在酶分子表面,維持酶催化活性所必需的最少量的水稱為必需水(或結(jié)合水、束縛水)。
酶的活性由必需水決定,而與溶劑里的水含量無(wú)關(guān),只要必需水不丟失,其它大部分水即使都被有機(jī)溶劑取代,酶仍然保持其催化活性。
因此,可把有機(jī)介質(zhì)中酶促反應(yīng)理解為宏觀上是在有機(jī)介質(zhì)中,而在微觀上仍是水中的酶促反應(yīng)。正因如此,才能使用有機(jī)介質(zhì)代替水溶液,進(jìn)行酶促反應(yīng)。
一個(gè)干燥的酶水合:             吸附水量:
酶分子表面電荷基團(tuán):          0-0.07g/g  (水/酶)
酶分子表面極性基團(tuán):          0.07-0.25g/g
弱極性、非極性基團(tuán):          0.25-0.28g/g
表面完全水化,被一層水分子包圍。
酶的必需水含量因酶而異。
脂肪酶:幾個(gè)水分子/每個(gè)酶分子
胰凝乳蛋白酶:50個(gè)水分子/每個(gè)酶分子
乙醇脫氫酶:幾百個(gè)水分子/每個(gè)酶分子
(2)、 對(duì)酶的要求
具有對(duì)抗有機(jī)介質(zhì)變性的經(jīng)能力。
(3)、 合適的溶劑及反應(yīng)體系
(4)、 合適的pH
保證有機(jī)介質(zhì)中酶的微環(huán)境具有最適pH值。酶應(yīng)從具有最適pH值的緩沖液中凍干或沉淀出來(lái)。
2、 有機(jī)介質(zhì)對(duì)酶性質(zhì)的影響
(1)、 穩(wěn)定性
大多數(shù)酶在低水有機(jī)介質(zhì)中比在水介質(zhì)中更穩(wěn)定。
a. 熱穩(wěn)定性提高
例如:豬胰脂肪酶在醇和酯中進(jìn)行催化反應(yīng),在100℃半衰期長(zhǎng)達(dá)12h,其活性比25℃時(shí)還高幾倍
b. 儲(chǔ)存穩(wěn)定性提高
胰凝乳蛋白酶在20℃時(shí),在水中半衰期只幾天。在辛烷中,可放6個(gè)月,仍保持全部活性。
(2)、 活性 
有兩類影響   升高活性
                   降低活性
酶的超活性:高于水溶液中酶活性值的活性。
(3)、 專一性
某些有機(jī)溶劑會(huì)使某些酶的專一性發(fā)生變化,如脂肪酶在有機(jī)介質(zhì)中有合成肽鍵的功能。星號(hào)活力(第二活力)。
(4)、 反應(yīng)平衡
有機(jī)介質(zhì)能改變某些酶催化的反應(yīng)平衡。
例如:水解酶類(蛋白水解酶)
在水介質(zhì)中,水的濃度為55.5mol/L,平衡趨向水解方向,
如在含水量極低的有機(jī)介質(zhì)中,平衡向含成方向偏移。

實(shí)例:(酶)       合成)產(chǎn)物       溶劑      合成收率 
枯草桿菌蛋白酶    核糖核酸酶      甘油90%     50%
無(wú)色桿菌蛋白酶     胰島素         乙醇30%     80%
凝血酶             人生長(zhǎng)素       甘油80%     20%
(5)、 分子印跡和pH記憶
酶在凍干前可用配體作印跡。
競(jìng)爭(zhēng)性抑制劑,可誘導(dǎo)酶活性中心構(gòu)象發(fā)生變化,形成一種高活性構(gòu)象,而此種構(gòu)象在除去抑制劑后,因酶在有機(jī)介質(zhì)中的高度剛性而得到保持。
pH記憶:
酶在有機(jī)介質(zhì)中能“記住”它最后存在過(guò)的水溶液的pH值,因該pH值決定了酶分子上有關(guān)基團(tuán)的解離狀態(tài),這種狀態(tài)在凍干過(guò)程和分散到有機(jī)介質(zhì)中之后仍得到保持。
第四節(jié) 酶的作用機(jī)理
一、 專一性的機(jī)理
(一) 酶專一性類型
一般說(shuō)來(lái),一種分子能成為某種酶的底物,必須具備兩個(gè)條件:
分子上有被酶作用的化學(xué)鍵。
分子上有一個(gè)或多個(gè)結(jié)合基團(tuán)能與酶活性中心結(jié)合。

 

2、 誘導(dǎo)楔合模型
酶分子與底物分子接近時(shí),酶蛋白質(zhì)受底物分子誘導(dǎo),構(gòu)象發(fā)生有利于與底物結(jié)合的變化,酶與底物在此基礎(chǔ)上互補(bǔ)楔合,進(jìn)行反應(yīng)。

P271     圖4—18

二、 高效性的機(jī)理
1、 鄰近效應(yīng)與定向效應(yīng)
酶把底物分子(一種或兩種)從溶液中富集出來(lái),使它們固定在活性中心附近,反應(yīng)基團(tuán)相互鄰近,同時(shí)使反應(yīng)基團(tuán)的分子軌道以正確方位相互交疊,反應(yīng)易于發(fā)生。
兩種效應(yīng)對(duì)反應(yīng)速度的影響
①使底物濃度在活性中心附近很高
甚至比溶液中高10萬(wàn)倍,提高反應(yīng)速度。
②酶對(duì)底物分子的電子軌道具有導(dǎo)向作用
舉例:酚羥基和羧基環(huán)化成內(nèi)酸
         圖
3個(gè)CH3固定了-OH和-COOH的相對(duì)方位。
③酶使分子間反應(yīng)轉(zhuǎn)變成分子內(nèi)反應(yīng)
反應(yīng)速度提高:107
         圖
④鄰近效應(yīng)和定向效應(yīng)對(duì)底物起固定作用
酶底復(fù)合物壽命比一般雙分子相互碰撞的平均壽命長(zhǎng),前者10-7-10-4秒,后者10-13秒,增大了產(chǎn)物形成的機(jī)率。
2、 扭曲變形和構(gòu)象變化的催化效應(yīng)
酶中某些基團(tuán)可使底物分子的敏感鍵中某些基團(tuán)的電子云密度變化,產(chǎn)生電子張力。

P276  圖4-20

環(huán)狀反應(yīng)物I水解開(kāi)環(huán),環(huán)扭曲能量大量釋放,加速反應(yīng)。
底物與酶蛋白接觸,加速反應(yīng)。
①酶從低活性形式轉(zhuǎn)變?yōu)楦呋钚孕问?BR>②底物扭曲、變形
③底物構(gòu)象變化,變得更像過(guò)度態(tài)結(jié)構(gòu),大大降低活化能。
3、 共價(jià)催化
酶作為親核基團(tuán)或親電基團(tuán),與底物形成一個(gè)反應(yīng)活性很高的共價(jià)中間物,此中間物易變成過(guò)渡態(tài),反應(yīng)活化能大大降低,提高反應(yīng)速度。
①親核共價(jià)催化
絲氨酸羥基、Cys的-SH、His的咪唑基。
舉例:咪唑基催化對(duì)硝基苯乙酸酯水解。
      圖

②親電共價(jià)催化
     親電基團(tuán)攻擊底物的富電子基團(tuán)
例:Asp轉(zhuǎn)氨酶催化Asp 轉(zhuǎn)氨反應(yīng)
         圖
P278  表4-13  形成共價(jià)ES復(fù)合物的某些酶
4、 酸堿催化
酶分子的一些功能基團(tuán)起質(zhì)子供體或質(zhì)子受體的作用。
參與酸堿催化的基團(tuán):氨基、羧基、巰基、酚羥基、咪唑基。

P279 表4-14 酶分子中可作為廣義酸堿的功能基團(tuán)

影響酸堿催化反應(yīng)速度的兩個(gè)因素
⑴酸堿強(qiáng)度,咪唑基在pH6附近給出質(zhì)子和結(jié)合質(zhì)子能力相同,是最活潑的催化基團(tuán)。
⑵給出質(zhì)子或結(jié)合質(zhì)子的速度,咪唑基最快

①酸催化酯、酰胺和肽的水解
        圖

過(guò)程:共軛酸與>C=0氧形成氫鍵,使>C=0碳帶更多正電荷,更易吸引H2O分子上的氧,降低>C=0碳與H2O氧形成共價(jià)鍵的活化能;接著,共軛酸將H+轉(zhuǎn)移給>C=0氧,自己成為共軛堿,并從H2O分子吸引一個(gè)H+, 回復(fù)原狀。
②堿催化酯、酰胺水解
      圖

過(guò)程:共軛堿先與H2O中H形成氫鍵,使H2O中氧的電負(fù)性增強(qiáng),更易對(duì)>C=0碳進(jìn)行親核進(jìn)攻,降低碳氧鍵生成的活化能。
5、 活性中心的微環(huán)境
⑴ 疏水環(huán)境
酶活性中心附近往往是疏水的,介電常數(shù)低,可加強(qiáng)極性基團(tuán)間的反應(yīng)。
⑵電荷環(huán)境
在酶活性中心附近,往往有一電荷離子,可穩(wěn)定過(guò)渡態(tài)的離子,增加酶促反應(yīng)速度。如溶菌酶Asp52帶負(fù)電荷,可以穩(wěn)定過(guò)渡態(tài)的正離子。
酶催化反應(yīng)的高效性,可能是由于以上五種因素中的幾種因素協(xié)同作用的結(jié)果,而非酶催化反應(yīng)往往只有一種催化機(jī)制。
三、 某些酶的活性中心及其作用機(jī)理
(一) 酶的活性中心
1、 活性中心的概念
對(duì)于不需要輔酶的酶來(lái)說(shuō),活性中心就是酶分子在三維結(jié)構(gòu)上比較靠近的少數(shù)幾個(gè)氨基酸殘基或是這些殘基的某些基團(tuán),它們?cè)谝患?jí)結(jié)構(gòu)上相距可能很遠(yuǎn),通過(guò)肽鏈的盤繞、折疊而在空間構(gòu)象上相互靠近。
對(duì)于需要輔酶的酶來(lái)說(shuō),輔酶分子或輔酶分子的某一部分結(jié)構(gòu)往往就是活性中心的組成部分。
一般認(rèn)為,活性中心有兩個(gè)功能部位:底物結(jié)合部位,催化部位
活性中心外的部位為活性中心的形成提供了結(jié)構(gòu)基礎(chǔ) 。
2、 活性中心的氨基酸殘基
有七種a.a在酶活性中心出現(xiàn)的頻率最高,它們是Ser、His、Cys、Tyr、Asp、Glu、Lys。
活性中心的a.a殘基往往分散在相互較遠(yuǎn)的a.a順序中,有的甚至分散在不同的肽鏈上,如α-胰凝乳蛋白酶活性中心的幾個(gè)a.a殘基,分別位于B、C兩個(gè)肽鏈上,靠分子空間結(jié)構(gòu)的形成,集中在酶分子特定區(qū)域,成為具有催化功能的活性中心。
酶分子a.a殘基分類
(1)接觸殘基
它們與底物接觸,參與底物的化學(xué)轉(zhuǎn)變,此類a.a殘基的一個(gè)或幾個(gè)原子與底物分子中一個(gè)或幾個(gè)原子的距離都在一個(gè)鍵距離之內(nèi)(1.5-2A)。
它們的側(cè)鏈起與底物結(jié)合作用的稱為結(jié)合基團(tuán),起催化作用的稱為催化基團(tuán)。
(2)輔助殘基
它不與底物接觸,而是在使酶與底物結(jié)合及協(xié)助接觸殘基發(fā)揮作用方面起作用。
上述兩類殘基構(gòu)成酶活性中心。
(3)結(jié)構(gòu)殘基
在維持酶分子正常三維構(gòu)象方面起重要作用,它們與酶活性相關(guān),但不在酶活性中心范圍內(nèi),屬于酶活性中心以外的必需殘基
上述三類殘基統(tǒng)稱酶的必需基團(tuán),若被其它a.a取代,往往造成酶失活。
(4)非貢獻(xiàn)殘基(非必需基團(tuán))
它們對(duì)酶活性的顯示不起作用,可由其它a.a代替,且在酶分子中占很大比例。
它們可能在免疫,酶活性調(diào)節(jié),運(yùn)輸轉(zhuǎn)移,防止降解等方面起作用。
                                            結(jié)合底物作用(結(jié)合殘基)
                               接觸殘基
                     活性中心               催化作用(催化基團(tuán))
           必需基團(tuán)            輔助殘基
                     活性中心外(結(jié)構(gòu)殘基)
酶蛋白
           非必需基團(tuán)
3、 活性中心區(qū)域的一級(jí)結(jié)構(gòu)
由于一些酶的活性中心一級(jí)結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu)與催化機(jī)理極其相似,可把它們歸為一族。
蛋白水解酶就有幾個(gè)族:
(1)絲氨酸蛋白酶(胰凝乳蛋白酶、胰乳蛋白酶、彈性蛋白酶、枯草桿菌蛋白酶等)
(2)鋅蛋白酶(羧肽酶等)
(3)巰基蛋白酶(木瓜蛋白酶等)
(4)羧基蛋白酶(胃蛋白酶等)
在同一族酶中,活性中心一級(jí)結(jié)構(gòu)的a.a順序極相似。
酶                                 a.a順序
胰蛋白酶(牛)         Asp-Ser-Cys-Gln-Gly-Asp-Ser-Gly-Gly-Pro-Val-Val-Cys-Ser-Gly-Lys
胰凝乳蛋白酶(牛)     Ser-Ser-Cys-Met-Gly-Asp-Ser-Gly-Gly-Pro-Leu-Val-Cys-Lys- Lys-Asn
彈性蛋白酶(豬)       Ser-Gly-Cys-Gln-Gly-Asp-Ser-Gly-Gly-Pro-Leu-His-Cys-Leu-Val-Asn
凝血酶(牛)         …Asp-Ala-Cys-Glu-Gly-Asp-Ser-Gly-Gly-Pro-Phe-Val-Met-Lys-Ser-Pro
這4個(gè)源于哺乳動(dòng)物的酶活性中心,都含有一個(gè)包括Ser在內(nèi)的完全相同的六肽:
         …Gly-Asp-Ser-Gly-Gly-Pro…
u 同源的趨異進(jìn)化
來(lái)自胰臟的胰凝乳蛋白酶(Phe、 Tyr、 Trp、)、胰蛋白酶(Lys、Arg )和彈性蛋白酶(疏水殘基),活性中心Ser附近的a.a順序相同,且分子一級(jí)結(jié)構(gòu)中有40%a.a順序相同,三維結(jié)構(gòu)也相同,表明它們起源于共同的祖先,但是它們的底物專一性不同。
這種來(lái)源于共同祖先,經(jīng)基因突變而得出不同專一性的結(jié)果稱為同源的趨異進(jìn)化。
u 異源的趨同進(jìn)化
來(lái)自枯草桿菌的Ser蛋白酶的結(jié)構(gòu)與上述三種酶很不同,且活性中心Ser附近的a.a順序也不同(-Gly-Thr-Ser-Met-Ala-Ser)。
電荷中繼網(wǎng)的位置也不同:

電荷中繼網(wǎng)的位置也不同:
Asp102-His57-Ser195(胰凝乳蛋白酶和彈性蛋白酶)
Asp32-His64-Ser221(枯草桿菌蛋白酶)
這表明枯草桿菌蛋白酶與胰凝乳蛋白酶等三個(gè)酶來(lái)源不同,但它們的電荷中繼網(wǎng)相同,功能相同,這種情況稱異源的趨同進(jìn)化。
4、 判斷和研究活性中心的主要方法
(1)通過(guò)酶的專一性(2)酶的化學(xué)修飾法(3)親合標(biāo)記法(4)X射線晶體衍射法
(二) 酶作用機(jī)理舉例
1、 胰凝乳蛋白酶的作用機(jī)理:
(1)、 專一性
         圖

該酶需要底物有一個(gè)疏水基團(tuán)結(jié)合于酶上的疏水部位,這個(gè)結(jié)合起定位作用,使底物敏感鍵對(duì)準(zhǔn)酶的催化基團(tuán)。
疏水定位基團(tuán):Phe、Tyr、Trp
(2)、 催化機(jī)理
① 活性中心:Ser195—His57—Asp102,三者構(gòu)成一個(gè)氫鍵體系,His57的咪唑基是Ser195的羥基和Asp102的羧基之間的橋梁,這個(gè)氫鍵體系稱為電荷中繼網(wǎng)(harge  relay  network)。通過(guò)電荷中繼網(wǎng),進(jìn)行酸堿催化及共價(jià)催化。Ser195由于His57和Asp102的影響而成為很強(qiáng)的親核基團(tuán),它是活性中心的底物結(jié)合部位,His57是活性中心的催化部位。

PP285 圖4-27,P287 圖4-30 胰凝乳蛋白酶中的電荷中繼網(wǎng)


② 胰凝乳蛋白酶對(duì)多肽的水解過(guò)程 

      P288  圖4—31胰凝乳蛋白酶對(duì)多肽的水解過(guò)程

第一階段  ;
Ser195--OH 中的氧攻擊肽鍵的羰基碳,形成四聯(lián)體過(guò)渡態(tài)(Ser195—OH、底物的;、底物的氨基、His的咪唑),敏感肽鍵斷裂,底物中的胺成分通過(guò)氫鍵與酶的His57咪唑基相連,底物的羧基部分酯化到Ser195的羥基上。
第二階段  脫酰
電荷中繼網(wǎng)從水中吸收一個(gè)質(zhì)子,結(jié)果產(chǎn)生的OH-攻擊連在Ser195上底物的羧基碳原子,形成四聯(lián)體過(guò)渡態(tài),然后His57供出一個(gè)質(zhì)子給Ser195上的氧原子,結(jié)果底物中的酸成分從Ser195上釋放。

除胰凝乳蛋白酶外,在催化中具有Asp-His-Ser電荷中繼網(wǎng)的還有胰蛋白酶,彈性蛋白酶,枯草桿菌蛋白酶等,但它們的底物結(jié)合部位不同,底物專一性也不同。

P288  圖4-32三種胰臟中的蛋白酶的底物結(jié)合部胰凝乳蛋白酶          胰蛋白酶          彈性蛋白酶
可供芳香環(huán)及大     可供帶電荷的    只能讓Ala等小分子
的非極性側(cè)鏈伸入    Lys.、Arg進(jìn)入        進(jìn)入
第五節(jié) 多酶體系與酶活性的調(diào)節(jié)控制
一、 多酶體系
(一) 多酶體系及其分類
細(xì)胞中的許多酶,常常在一個(gè)連續(xù)的反應(yīng)鏈中起作用,前一個(gè)反應(yīng)的產(chǎn)物是后一個(gè)反應(yīng)的底物。
多酶體系:multienzyme system在完整細(xì)胞內(nèi)的某一代謝途徑中,由幾個(gè)酶形成的反應(yīng)鏈體系。
可分為三種類型:可溶性的(分散性的),結(jié)構(gòu)化的(多酶復(fù)合體),在細(xì)胞結(jié)構(gòu)上有定位關(guān)系的(結(jié)構(gòu)化程度更高)。
     P297 圖4—42(分散性的多酶體系)  圖4-43 (多酶復(fù)合體)
(二) 多酶體系的自我調(diào)節(jié)
(1)大部分具有自我調(diào)節(jié)能力的多酶體系,第一步反應(yīng)就是限速步驟,它控制著全部反應(yīng)序列的總速度。
(2)反饋抑制與底物激活
催化第一步反應(yīng)的酶,大多都是別構(gòu)酶,能被全部反應(yīng)序列的最終產(chǎn)物所抑制,有時(shí)則是反應(yīng)序列分叉處的酶受到最終產(chǎn)物的抑制,稱為反饋抑制;有的被底物激活

P299   圖4-45反饋抑制與底物激活

正調(diào)節(jié)物:一般是別構(gòu)酶的底物,可以激活別構(gòu)酶。
負(fù)調(diào)節(jié)物:可以抑制別構(gòu)酶,一般是代謝序列的最終產(chǎn)物。
通過(guò)多酶體系的自我調(diào)節(jié)(反饋抑制和底物激活),可使代謝過(guò)程得以協(xié)調(diào)地、有條不紊地合理進(jìn)行。
下面討論具體到每個(gè)酶是怎樣調(diào)節(jié)的
二、 酶活性的調(diào)節(jié)控制和調(diào)節(jié)酶
調(diào)節(jié)酶:活性可被調(diào)節(jié)的酶,主要是別構(gòu)酶和共價(jià)調(diào)節(jié)酶。
(一) 別構(gòu)效應(yīng)的調(diào)控
別構(gòu)效應(yīng):調(diào)節(jié)物(效應(yīng)物)與別構(gòu)酶分子中的別構(gòu)中心(調(diào)節(jié)中心)結(jié)合后,誘導(dǎo)產(chǎn)生或穩(wěn)定住酶分子的某種構(gòu)象,使酶活性中心對(duì)底物的結(jié)合催化作用受到影響,從而調(diào)節(jié)酶促反應(yīng)的速度。
(1)、 別構(gòu)酶的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和性質(zhì)
(1) 已知的別構(gòu)酶都是寡聚酶,含有兩個(gè)或兩個(gè)以上亞基
(2) 具有活性中心和別構(gòu)中心(調(diào)節(jié)中心),活性中心負(fù)責(zé)底物結(jié)合和催化,別構(gòu)中心負(fù)責(zé)調(diào)節(jié)酶反應(yīng)速度;钚灾行暮蛣e構(gòu)中心處在不同的亞基上或同一亞基的不同部位上。
(3) 多數(shù)別構(gòu)酶不止一個(gè)活性中心,活性中心間有同種效應(yīng),底物就是調(diào)節(jié)物:有的別構(gòu)酶不止一個(gè)別構(gòu)中心,可以接受不同的代謝物的調(diào)節(jié)。
(4) 別構(gòu)酶由于同位效應(yīng)和別構(gòu)效應(yīng),不遵循米式方程,動(dòng)力學(xué)曲線也不是典型的雙曲線型,而是S型(同位效應(yīng)為正協(xié)同效應(yīng))和壓低的近雙曲線(同位效應(yīng)為負(fù)協(xié)同效應(yīng))。
(2)、 別構(gòu)酶的動(dòng)力學(xué)曲線
① 同位效應(yīng)為正協(xié)同效應(yīng)的別構(gòu)酶是S型曲線
P303  圖4-46   4-47

這種S形曲線體現(xiàn)為,當(dāng)?shù)孜餄舛劝l(fā)生較小變化時(shí),別構(gòu)酶可以極大程度地控制反應(yīng)速度,這是別構(gòu)酶可以靈活地調(diào)節(jié)反應(yīng)速度的原因。
米氏酶:[S]0.9/[S]0.1=81
別構(gòu)酶:[S]0.9/[S]0.1=3
表明當(dāng)?shù)孜餄舛劝l(fā)生較小變化時(shí),如上升3倍,別構(gòu)酶的酶促反應(yīng)速度可以從0.1Vmax升至0.9Vmax 。

當(dāng)增加正調(diào)節(jié)物濃度時(shí)Km減小,親和力增大,協(xié)同性減小:當(dāng)增加負(fù)調(diào)節(jié)物的濃度時(shí)Km增加,親和力減小,協(xié)同性增大(對(duì)底物濃度的反應(yīng)靈敏度增加)。
② 同位效應(yīng)為負(fù)協(xié)同效應(yīng)的別構(gòu)酶是近似雙曲線
P304圖4-48
負(fù)協(xié)同效應(yīng)時(shí)酶的反應(yīng)速度對(duì)底物濃度的變化不敏感
(3)、 別構(gòu)酶調(diào)節(jié)活性的機(jī)理
① 序變模型:
酶分子中亞基結(jié)合底物后,構(gòu)象逐個(gè)地依次變化。
② 齊變模型:
(4)、 別構(gòu)酶的鑒定
① S型曲線是必要但不充分條件
② 脫敏作用
③ [S]0.9/[S]0.1
Rs=81 米氏酶
Rs<81 正協(xié)同
Rs>81 負(fù)協(xié)同
④ Hill系數(shù)法
(二) 可逆共價(jià)修飾的調(diào)控(共價(jià)調(diào)節(jié)酶)
共價(jià)調(diào)節(jié)酶:酶分子被其它的酶催化進(jìn)行共價(jià)修飾,從而在活性形式與非活性形式之間相互轉(zhuǎn)變。
舉例:糖原磷酸化酶  
P313  圖4-57

信號(hào)的級(jí)聯(lián)放大:
1分子磷酸化酶激酶,活化生成幾千個(gè)磷酶化酶a
1分子磷酸化酶a,催化生成幾千個(gè)1-P-G
共價(jià)調(diào)節(jié)酶的兩種常見(jiàn)類型
①磷酸化         去磷酸化     -OH  ATP
②腺苷;        脫腺苷;  腺苷;葾TP提供
(三) 酶原的激活
具有不可逆性。屬于此類的有消化系統(tǒng)中的酶(胰蛋白酶,胰凝乳蛋白酶,胃蛋白酶)和血液凝固系統(tǒng)中的酶。
(1)、 胰凝乳蛋白酶原的激活(由胰蛋白酶激活)

P314    圖4-58
(2)、 胰蛋白酶對(duì)胰臟蛋白酶原的激活
                 腸激酶
              胰蛋白酶原       胰蛋白酶

胰凝乳蛋白酶原                彈性蛋白酶原
                       胰蛋白酶
胰凝乳蛋白酶                  彈性蛋白酶
                羧肽酶原        羧肽酶
(四) 專一性調(diào)控蛋白(調(diào)控因子)對(duì)酶活性的調(diào)節(jié)控制
鈣調(diào)蛋白、激素結(jié)合蛋白,促進(jìn)或抑制特異的酶活性
第六節(jié) 酶與抗體——抗體酶 abzyme(antibody enzyme)
參閱 P293
又稱催化性抗體(catalytic antibody),是一種具有催化功能的抗體分子。
過(guò)渡態(tài)理論:酶與底物不是在基態(tài),而是在過(guò)渡態(tài)結(jié)構(gòu)互補(bǔ),親和力最強(qiáng),釋放出的結(jié)合能使過(guò)渡態(tài)結(jié)合物能級(jí)降低,利于反應(yīng)物分子越過(guò)能壘,加速反應(yīng)。
而抗體與抗原是基態(tài)結(jié)合。

第七節(jié) 同工酶、誘導(dǎo)酶
1、 同工酶
能催化同一種化學(xué)反應(yīng),但其酶蛋白本身的分子結(jié)構(gòu)不同的一組酶,存在于生物的同一種屬或同一個(gè)體的不同組織中,甚至同一組織、同一細(xì)胞中。
哺乳動(dòng)物乳酸脫氫酶有5種
CH3CHOH-COO-+NAD+  LDH   CH3COCOO-+NADH+H+
均由4個(gè)亞基組成
HHHH     在心肌中占優(yōu)勢(shì)
HHHM 
HHMM
HMMM
MMMM   在骨骼肌中占優(yōu)勢(shì)
2、 誘導(dǎo)酶
酶可相對(duì)地區(qū)分為結(jié)構(gòu)酶和誘導(dǎo)酶。
結(jié)構(gòu)酶:指正常細(xì)胞內(nèi)存在的酶,它的含量較穩(wěn)定,受外界因素影響很小。
誘導(dǎo)酶:在正常細(xì)胞中含量極少或沒(méi)有,當(dāng)細(xì)胞中加入特定誘導(dǎo)物后,誘導(dǎo)產(chǎn)生的酶,含量在誘導(dǎo)物存在下顯著增高,誘導(dǎo)物往往是該酶的底物或底物類似物。
如:大腸桿菌中的β-半乳糖苷酶
E.coli在含Glc的培養(yǎng)基中
E.coli在只含乳糖的培養(yǎng)基中:Glc-β(1→4)Gal苷
第八節(jié) 酶工程

計(jì)劃:8學(xué)時(shí)

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